Po požití závadné potraviny se bakterie Salmonella dokáže dostat i přes nehostinné prostředí žaludku do našich střev, kde se usadí a začne se množit. Tomuto období se zpravidla říká inkubační doba, která je v tomto případě velice krátká. V závislosti na typu bakterie a prostředí se jedná o šest hodin až dva dny, obvykle se však první zažívací potíže dostaví již během několika hodin. Příznaky jsou reakcí na endotoxiny uvolněné z odumřelých bakterií. Na jejich přítomnost organismus reaguje horečkou, nevolností, zvracením, bolestmi břicha a dostavuje se akutní průjem. Ten bývá zpočátku kašovitý, zanedlouho však získává typické zelené zabarvení s příměsí hlenu a krve.
I když je průjem defakto snahou našeho těla se s vyvolanou infekcí vyrovnat, je nutné jeho průběh kontrolovat. Během průjmu totiž tělo přichází o velké množství vody a minerálů, čímž by mohlo dojít až k rozvrácení homestázy. Z tohoto důvodu je nutné jejich ztrátu dostatečně kompenzovat, aby se zabránilo dehydrataci. Její nástup se projevuje netečností, bolestí hlavy, zrychleným pulsem, zastřeným vědomím a tmavou močí. U starších lidí a malých dětí se jedná o závažnou komplikaci průjmů vedoucí ke ztrátám vědomí až k smrti.
U pacientů s narušeným imunitním systémem, hrozí riziko, že se bakterie krevním řečištěm rozšíří ze střev do dalších orgánů, kde vyvolá zánět. Vždy se jedná o nebezpečnou komplikaci často zasahující srdeční chlopeň, mozkové blány, močové cesty či žlučník. V případě žlučníku se v něm může Salmonella usídlit a bez vnějších příznaků působí nakažený pouze jako bacilonosič.